08-appendix.Rmd

# (APPENDIX) Appendix {-} 
# Appendix A
## Directory structure

```
├── 2016_04_01_a549_48hr_batch1
│   ├── illum
│   │   └── SQ00015167
│   │       ├── SQ00015167_IllumAGP.mat
│   │       ├── SQ00015167_IllumDNA.mat
│   │       ├── SQ00015167_IllumER.mat
│   │       ├── SQ00015167_IllumMito.mat
│   │       ├── SQ00015167_IllumRNA.mat
│   │       └── SQ00015167.stderr
│   └── images
│       └── SQ00015167__2016-04-21T03_34_00-Measurement1
│         ├── Assaylayout
│         ├── FFC_Profile
│         └── Images
│             ├── r01c01f01p01-ch1sk1fk1fl1.tiff
│             ├── r01c01f01p01-ch2sk1fk1fl1.tiff
│             ├── r01c01f01p01-ch3sk1fk1fl1.tiff
│             ├── r01c01f01p01-ch4sk1fk1fl1.tiff
│             └── r01c01f01p01-ch5sk1fk1fl1.tiff
└── workspace
    ├── audit
    │    └── 2016_04_01_a549_48hr_batch1
    ├── analysis
    │    └── 2016_04_01_a549_48hr_batch1
    │        └── SQ00015167
    │            └── analysis
    │                └── A01-1
    │                    ├── Cells.csv
    │                    ├── Cytoplasm.csv
    │                    ├── Experiment.csv
    │                    ├── Image.csv
    │                    ├── Nuclei.csv
    │                    └── outlines
    │                        └── SQ00015167
    │                            ├── A01_s1--cell_outlines.png
    │                            └── A01_s1--nuclei_outlines.png
    ├── backend
    │   └── 2016_04_01_a549_48hr_batch1
    │       └── SQ00015167
    │           ├── SQ00015167.csv
    │           └── SQ00015167.sqlite
    ├── batchfiles
    │   └── 2016_04_01_a549_48hr_batch1
    │       └── SQ00015167
    │           ├── analysis
    │           │   ├── Batch_data.h5
    │           │   ├── dcp_config.json
    │           │   ├── cp_docker_commands.txt
    │           │   └── cpgroups.csv
    │           └── illum
    │               ├── Batch_data.h5
    │               ├── dcp_config.json
    │               ├── cp_docker_commands.txt
    │               └── cpgroups.csv
    ├── github
    │   └── imaging-platform-pipelines
    ├── images
    │   └── 2016_04_01_a549_48hr_batch1 -> /home/ubuntu/bucket/projects/2015_10_05_DrugRepurposing_AravindSubramanian_GolubLab_Broad/2016_04_01_a549_48hr_batch1/images/
    ├── load_data_csv
    │   └── 2016_04_01_a549_48hr_batch1
    │       └── SQ00015167
    │           ├── load_data.csv
    │           └── load_data_with_illum.csv
    ├── log 
    │   ├── create_batch_files_analysis
    │   ├── create_batch_files_illum
    │   ├── create_csv_from_xml
    │   └── collate       
    ├── metadata
    │   └── 2016_04_01_a549_48hr_batch1
    │       ├── barcode_platemap.csv
    │       └── platemap
    │           └── C-7161-01-LM6-006.txt
    ├── pipelines -> github/imaging-platform-pipelines
    ├── status
    └── software
        ├── cellpainting_scripts
        ├── cytominer_scripts
        └── pe2loaddata
```